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Guix 1.0, un pas vers la reproductibilité des sciences en calcul haute performance (HPC)

Quand les versions évoluent, la reproductibilité devient du passé... mais pas avec GUIX

le 10 juin 2019

Institut national de recherche en informatique et en automatique - Inria

Domaine de Voluceau
Rocquencourt - B.P. 105
78153 Le Chesnay
France

Tél.: 33 (0)1 39 63 55 11

Reproduire des expériences scientifiques basées sur l’outil informatique devient presque impossible avec des logiciels, versions et fonctions qui évoluent en permanence. La version 1.0 du logiciel libre Guix, disponible depuis mai 2019, relève ce défi, notamment en calcul haute performance (HPC). Elle permet en particulier de « remonter le temps » pour retrouver des versions antérieures de logiciels.

Le HPC devient la norme dans des domaines comme la simulation numérique, la génomique ou la bio-informatique, et la reproductibilité des expériences devient un sujet de controverse. La démarche scientifique nécessite de vérifier les résultats publiés et d’évaluer leur sensibilité à certains paramètres. Si c’est impossible, elle est entravée.

« Nos expériences reposent de plus en plus sur des logiciels hébergés par des sites tiers. Guix permet malgré tout de reconstruire fidèlement leur environment logiciel, tout en nous déchargeant de vérifications informatiques fastidieuses. »

À ce jour, GUIX intègre environ 10 000 logiciels libres, dont une part dédiée à la génomique et à la bio-informatique.

Pour l'article complet : Guix 1.0, un pas supplémentaire vers la reproductibilité des sciences en HPC

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