Un analizador de fenogramas [Genética].

El descubrimiento de la genética ha permitido descifrar, en parte, la programación de la vida en la Tierra. Así, los científicos han podido comprender los vínculos, a veces más estrechos de lo esperado, entre distintas especies, desde las bacterias hasta los animales más grandes. La filogenia ofrece la posibilidad de establecer estas conexiones y comprenderlas mejor. Generalmente se presentan en forma de fenogramas o cladogramas cuando nos interesa algo más que el fenotipo de una especie.

El programa Phylogene se ha convertido en una herramienta imprescindible para la clasificación por caracteres anatómicos, entre otros, para los profesores franceses. Sin embargo, este programa informático tan bien adoptado no cubre la clasificación de datos moleculares. Dirigido a estudiantes de secundaria, Geniegen2 puede utilizarse en línea o descargarse para analizar diversas secuencias de ADN. Algunas de ellas ya están disponibles en la aplicación, como :

• Comprensión de la vacuna de ARN covid-19
• Predisposición al cáncer de mama
• Comparación de alelos de distintas enfermedades (fibrosis quística, anemia falciforme)
• Resistencia a los antibióticos en E. coli

Los ejercicios creados por otros profesores también están disponibles para uso educativo. Los profesores que hayan preparado ejercicios pueden subirlos como archivos .edi, .fasta y .aln (el formato utilizado por Phylogene).

Una vez cargadas las secuencias, los alumnos pueden comparar las secuencias que han seleccionado y visualizarlas en un fenograma o una matriz de similitud o distancia. Esta función puede ocultarse si el objetivo es que los alumnos creen el árbol por sí mismos. Basta con añadir un .nt antes de la extensión para que desaparezca esta posibilidad.

El software utiliza dos tipos de algoritmo: UPGMA (que también utiliza Phylogene) y WPGMA. Puede cambiar de uno a otro utilizando el menú de opciones. Como el programa utiliza muchos colores, existe un parámetro que crea una visualización más fácil de seguir para los alumnos daltónicos.

Otras funciones permiten identificar las abreviaturas utilizadas en una tabla o, pulsando el botón derecho del ratón, renombrar una combinación, obtener información o incluso buscarla en BLAST, un sitio estadounidense que enumera las secuencias que posee la Biblioteca Nacional de Medicina.

Se trata de un programa informático completo, con una estética más funcional que estética, pero que sin embargo brinda la oportunidad de diseñar verdaderos módulos didácticos que aborden la cuestión de los fenotipos y el análisis del ADN.