Um analisador de fenogramas [Genética].

A descoberta da genética permitiu decifrar, em parte, a programação da vida na Terra. Os cientistas puderam assim compreender as ligações, por vezes mais estreitas do que o previsto, entre diferentes espécies, desde as bactérias até aos maiores animais. A filogenia oferece a possibilidade de estabelecer estas ligações e de as compreender melhor. São geralmente apresentadas sob a forma de fenogramas ou cladogramas, quando estamos interessados em mais do que apenas o fenótipo de uma espécie.

O programa Phylogene tornou-se indispensável para a classificação por caracteres anatómicos, entre outros, pelos professores franceses. No entanto, este software bem adotado não cobre a classificação de dados moleculares. Destinado aos estudantes do ensino secundário, o Geniegen2 pode ser utilizado em linha ou descarregado para analisar várias sequências de ADN. Algumas delas já estão disponíveis na aplicação, tais como :

• Compreender a vacina de ARN contra a covid-19
• Predisposição para o cancro da mama
• Comparação de alelos de diferentes doenças (fibrose cística, anemia falciforme)
• Resistência aos antibióticos em E. coli

Os exercícios criados por outros professores também estão disponíveis para utilização pedagógica. Os professores que prepararam trabalhos podem carregá-los como ficheiros .edi, .fasta e .aln (o formato utilizado pelo Phylogene).

Uma vez carregadas as sequências, os alunos podem comparar as sequências que selecionaram e visualizá-las num fenograma ou numa matriz de semelhança ou distância. Esta função pode ser ocultada se o objetivo for que os alunos criem eles próprios a árvore. Basta acrescentar um .nt antes da extensão para que esta possibilidade desapareça.

O software utiliza dois tipos de algoritmos: UPGMA (que também é utilizado pelo Phylogene) e WPGMA. Pode mudar de um para o outro usando o menu de opções. Uma vez que o programa utiliza muitas cores, existe um parâmetro que permite criar uma imagem mais fácil de seguir para os alunos daltónicos.

Outras funções permitem identificar as abreviaturas utilizadas numa tabela ou, clicando com o botão direito do rato, mudar o nome de uma combinação, obter informações ou mesmo pesquisá-las no BLAST, um site americano que lista as sequências da National Library of Medicine.

Trata-se de um software completo, com uma estética mais funcional do que estética, mas que permite, no entanto, conceber verdadeiros módulos didácticos que abordam a questão dos fenótipos e da análise do ADN.