Un analyseur de phénogrammes [Génétique]

La découverte de la génétique a permis de décoder, en partie, la programmation de la vie sur Terre. Ainsi, des scientifiques ont compris les liens, parfois plus étroits que prévu, entre différentes espèces que ce soit de bactéries jusqu'aux plus grands des animaux. La phylogénie offre la possibilité de faire ces connexions et de mieux les appréhender. Ils s'affichent généralement sous la forme de phénogramme ou de cladogramme lorsqu'on s'intéresse à plus que le phénotype d'espèces.

Le programme Phylogène est devenu un incontournable de la classification par caractères anatomiques, entre autres, par les enseignants français. Toutefois, ce logiciel bien adopté ne couvre pas le classement de données moléculaires. S'adressant donc aux lycéens, Geniegen2 propose dans sa forme en ligne ou téléchargeable d'analyser des séquences ADN diverses. Certaines sont déjà présentes dans l'application comme :

• La compréhension du vaccin ARN contre la covid-19
• Les prédispositions au cancer du sein
• Comparaison d'allèles de différentes pathologies (mucoviscidose, drépanocytose)
• Résistance aux antibiotiques chez l'E. Coli

Des exercices créés par d'autres professeurs sont aussi offerts à des usages pédagogiques. Les enseignants ayant préparé des travaux pourront les charger sous la forme de fichiers .edi, .fasta et .aln (le format utilisé par Phylogène).

Une fois les séquences chargées, les élèves peuvent alors comparer celles sélectionnées et voir le tout dans un phénogramme ou une matrice de similarité ou de distance. Il est possible de cacher cette fonction si le but désiré est que les apprenants réalisent eux-mêmes l'arbre. Il suffit d'ajouter un .nt avant l'extension afin que la possibilité disparaisse.

Le logiciel utilise deux types d'algorithmes : UPGMA (qui sert aussi Phylogène) et WPGMA. Il est possible de passer de l'un à l'autre avec le menu des options. Le programme recourant à beaucoup de couleurs, il existe un paramètre créant un visuel qui sera plus facile à suivre pour les élèves daltoniens.

D'autres fonctionnalités permettent d'identifier les abréviations employées dans un tableau ou, en cliquant avec le bouton droit de la souris, de renommer une combinaison, d'obtenir des informations ou même de la rechercher sur BLAST, un site américain inventoriant des séquences tenues par le National Library of Medicine.

Un logiciel complet, à l'esthétique plus fonctionnelle qu'esthétique qui donne l'occasion néanmoins de concevoir de véritables modules pédagogiques abordant la question des phénotypes et de l'analyse de l'ADN.

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